Szerelmi kapcsolatuk ’68-ban kezdődött, a férfi Indiából való hazaérkezése után, mikor rájött, hogy eltávolodtak egymástól feleségével, Cynthiával. A házasság még abban az évben válással végződött, Lennon és Ono pedig elválaszthatatlanok voltak a magánéletben, a nyilvánosság előtt sőt a Beatles lemezfelvételei alatt is. 

 

A sajtó Onoval szemben elég rosszindulatú volt, sok mocskolódó cikk jelent meg vele szemben. Ez feldühítette Lennont, aki a nyilvánosság előtt azt mondta, hogy nincs John és Yoko, mert ők egyek, JohnÉsYoko. Ezek az új fejlemények nyilvánvaló súrlódáshoz vezettek a zenekar többi tagjával és fokozták a feszültséget a Fehér Album 1968-as felvételei alatt. A szájhagyomány gyakran Onot tekinti az együttes felbomlásának fő okaként.

 

 

A Beatles utolsó két évében Lennon legtöbb idejét Yokoval és a vietnami háború ellen való tiltakozással töltötte. 1969. március 20-án John Lennon és Yoko Ono megesküdtek Gibraltáron. A mézesheteiket Amszterdamban tartották „Egy ágyban…” a békéért („Bed-In” for peace). Később ugyanezt megismételték Montréalban is. Ezen második performance alatt vették fel a „Give Peace a Chance” című dalt, ami a békemozgalmak nemzetközi himnusza lett. 

 

John hamarosan Winstonról Onora változtatta a második nevét, hogy megmutassa Yokoval való egységüket és megírta „John és Yoko balladáját” („The Ballad of John and Yoko”) nászútjukról és az azt követő nyomásról. 

 

Lennon 1980-as halálát követően Havadtőy Sámuel magyar származású művésszel élt élettársi kapcsolatban Yoko több mint húsz éven keresztül. A kapcsolat révén többször is járt Magyarországon, alkotásaiból adományozott a magyarországi Ludwig Múzeumnak